Gnojowica jest bardzo wartościowym nawozem jednak w czasie jej przechowywania i aplikacji dochodzi do dużych strat azotu. Jak podają źródła, z gnojowicy przechowywanej w przykrytych zbiornikach straty azotu w formie amoniaku są niewielkie i sięgają 2%. Do największych strat azotu dochodzi w czasie aplikacji tego nawozu i sięgają one (zależnie od temperatury, terminu i techniki aplikacji) od 7 do nawet 30%.
