Po zgniliźnie twardzikowej to druga co do znaczenia w rzepaku choroba okresu kwitnienia. Czerń krzyżowych, której sprawcami są grzyby z rodzaju Alternaria (Alternaria brassicae oraz Alternaria brassicicola i Aalternaria alternata), występuje jednak we wszystkich fazach rozwojowych rzepaku – od siewek aż do wytworzenia nasion.