Infekcjom sprzyjają uszkodzenia powodowane przez szkodniki i wysoka wilgotność. Temperatura ma drugorzędne znaczenie. Oczywiście podstawą do podjęcia ochrony chemicznej jest lustracja plantacji. Trzeba też brać pod uwagę podatność odmianową na choroby.
Choroby szkodzą najmocniej rzepakowi ozimemu od wiosny po zbiór nasion, ale infekują go już jesienią. Po wschodach rzepak może być porażany przez sprawców suchej zgnilizny kapustnych, czerni krzyżowych, szarej pleśni, cylindrosporiozy oraz mączniaka prawdziwego i rzekomego.