Nawóz ten niewłaściwie przechowywany i stosowany może spowodować zanieczyszczenia wód i gleb oraz powodować poważne zatrucia zwierząt i ludzi powstającymi gazami. Dlatego też stosując gnojowicę należy skrupulatnie przestrzegać wytycznych zawartych w ustawie o nawozach i nawożeniu.
Gnojowica jest mieszaniną moczu, kału i wody, którą spłukuje się stanowiska w bezściołowym chowie zwierząt zgodnie z ustawą o nawozach i nawożeniu należy do nawozów naturalnych. Ze względów produkcyjnych oceniana jest jako cenny nawóz, ze środowiskowych, jako nawóz niebezpieczny dla wód.