Choroba w stadzie ma negatywny wpływ na parametry produkcji, dlatego lepiej zapobiegać schorzeniom poprzez dobrze zaplanowane podawanie szczepionek. Szczepienie być może nie do końca ochroni przed infekcją, jednak z pewnością zapobiegnie jej skutkom. Pozwala na uniknięcie infekcji subklinicznych oraz redukcję obecności patogenu w populacji, co ogranicza ryzyko reinfekcji i zakażeń podklinicznych. Oczywiście szczepienia nie zastąpią dobrego zarządzania stadem i higieny, a niewłaściwe ich użycie nie przyniesie oczekiwanych korzyści. Skuteczność szczepień zależy od wielu czynników, które muszą być brane pod uwagę przez rolnika oraz lekarza weterynarii opiekującego się stadem.
Dzięki szczepieniom można uzyskać wysoki status zdrowotny zwierząt i ograniczyć stosowanie antybiotyków. Zmniejsza się więc ryzyko wystąpienia oporności bakterii. W przeciwieństwie do antybiotyków czy innych leków szczepienia nie wpływają na florę jelitową, przygotowują natomiast układ odpornościowy na kontakt z określonymi patogenami bez ryzyka choroby. Zapewniają wytworzenie skutecznych mechanizmów obronnych organizmu.